El objetivo de esta área es la generación de conocimiento y su transferencia al sector con el fin de posibilitar el desarrollo de una acuicultura económicamente rentable y medioambientalmente sostenible enfocada a la obtención de productos de calidad y a la mejora de la comptitividad del sector acuícola y pesquero de Andalucía.
 
Las líneas de actuación se centran en la investigación de producción de especies locales adaptadas y con demanda comercial, así como en la calidad de los productos de acuicultura y su trazabilidad comercial. Se actúa asimismo en el estudio de la ecología y las dinámicas de las poblaciones piscícolas costeras y de estuario para la promoción de una explotación sostenible de sus recursos.

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